Non si sa quanto funzioni la protezione immunitaria né per quanto tempo. Oltre a ciò ci sono problemi etici e di protezione dei dati. Persino l'OMS ha annunciato che rifiuta questi passaporti di vaccinazione.
Il valore etico più alto è probabilmente il diritto all'integrità fisica e alla parità di trattamento tra persone vaccinate e non vaccinate, che è anche elencato fra i diritti fondamentali nella Carta dell'UE. Questi diritti sono minacciati dal libretto delle vaccinazioni, poiché il recupero di diritti fondamentali verrebbe legato, almeno per un periodo indeterminato, ad una vaccinazione. Questo impedisce una decisione liberamente presa di vaccinarsi e genera anche una discriminazione.
Dato che il libretto delle vaccinazioni deve essere digitalizzato, c'è in linea di massima il rischio che i dati personali e medici vengano rubati. Inoltre, non solo i fornitori di servizi come le compagnie di viaggio conosceranno lo stato delle vaccinazioni, ma anche indirettamente, per esempio i datori di lavoro se i dipendenti non sono in grado di fare dei viaggi aerei.