Não se sabe quão eficaz e segura é a vacina nem por quanto a proteção imunitária é garantida. Existem também problemas éticos e de proteção de dados. Agora até mesmo a OMS anunciou que repudia tais passaportes de vacinação.
O maior valor ético é provavelmente o direito à integridade física e à igualdade de tratamento entre pessoas vacinadas e não vacinadas, que são também enumerados como direitos fundamentais na Carta da UE. O certificado de vacinação constitui uma ameaça a esses direitos fundamentais, uma vez que a recuperação dos direitos fundamentais individuais deve estar ligada à vacinação, pelo menos por um período indeterminado. Desta forma, manipula-se a livre decisão de vacinar-se ou não e cria-se também um modo de discriminação.
Como o certificado de vacinação deverá ser digitalizado, existe basicamente o risco de que dados pessoais e médicos sejam roubados. Para além disso, não só prestadores de serviços, como empresas de viagens, tomarão conhecimento sobre a situação de vacinação, mas também indiretamente os empregadores, por exemplo, se os colaboradores forem impedidos de fazer viagens aéreas.