Nu se ştie, cât de bine este şi cât de lung se menţine efectul imunităţii. De asemenea vor apărea probleme etice şi probleme legate de protecția datelor. Acum chiar şi Organizația Mondială a Sănătății a declarat că refuză astfel de certificate de vaccinare.
Cea mai mare importanță etică cuvine desigur dreptului la integritate fizică şi la egalitate de tratament între persoane vaccinate şi persoane nevaccinate; ambele drepturi fiind consacrate ca drepturi fundamentale în Carta UE. Acestea sunt periclitate prin introducerea certificatului de vaccinare, deoarece redobândirea unori drepturi fundamentale specifice va fi legată de o vaccinare, cel puţin pentru o perioadă de timp nedeterminată. Astfel libera alegere, de a fi vaccinat sau nu, va fi manipulată, ceea ce va crea un fel de discriminare.
Certificatul de vaccinare urmează să fie digitalizat, astfel că, în principiu, nu se poate exclude posibilitatea furtului de date medicale cu caracter personal. De asemenea nu numai anumite prestatori de servicii, de exemplu agenții de voiaj, vor putea afla statutul vaccinării unei persoane ci indirect şi angajatorii, dacă angajaţii nu pot călători cu avionul.